L'évaluation avait pour principaux objectifs de présenter aux services de coopération extérieure concernés de l’Union européenne, au gouvernement partenaire et, le cas échéant, au grand public:

• une appréciation globale, en toute indépendance, des résultats de l’intervention du PAI II, en s’attachant plus particulièrement aux résultats du projet par rapport à ses objectifs;
• les principaux enseignements de l'intervention et des recommandations afin d’améliorer les mesures en cours et les futures actions.

Outre la connaissance de l’appréciation des résultats et expériences de la mise en œuvre des quatre volets du PAI II, l’utilisation prévue pour l’évaluation finale dans le cadre du 11ème FED, concernait essentiellement la poursuite des appuis de l’UE en vue de la consolidation de l’Etat. Ces nouveaux appuis formulés et prévus pour être en œuvre à travers des modalités différentes que celles du PAI II, devaient tirer un meilleur parti des acquis du PAI II tant sur le plan des réalisations que sur le plan des expériences en matière de gestion de l’appui.